1908 – Parte do espólio do atual Museu encontrava-se no Museu de História Natural e nos gabinetes de Física e Química do Liceu de D. Manuel II, situado no Casarão de S. Bento da Vitória. Nesta época, foi distribuída por alguns liceus, nomeadamente por este, uma pequena coleção de aparelhos de Geografia. Foi também despendida pelo Liceu a verba de 500$000 réis para a aquisição de alguns aparelhos de Física da firma Ducretet.
1911 – Aproveitando uma verba de 4.000$000 réis, concedida pela Direção-Geral do Ensino Secundário, Superior e Especial para a aquisição de material didático, foram adquiridos vários aparelhos de Física constantes dos catálogos da Max Kohl, de Chemnitz (Alemanha), e da Ducretet, de Paris.
1913 – O Ministro da Instrução Pública concedeu público testemunho de louvor a vários professores do Liceu, pela forma como se encontravam instalados os laboratórios de Química, o gabinete de Física e o Museu de História Natural.
1915 – A Comissão Jurisdicional dos Bens da Igreja entregou, ao Liceu, diversos objetos provenientes de colégios religiosos.
1932 – O espólio do Liceu foi transferido para o atual edifício.
1935 – Foi elaborado um inventário de todo o material existente no Liceu, nomeadamente do Museu de História Natural, das salas de Mineralogia e Geologia e dos gabinetes de Física, Química e Geografia. Com a alteração dos programas e dos métodos de ensino, alguns dos aparelhos de Física e Química, bem como outros objetos de considerável valor, foram sendo retirados dos gabinetes, laboratórios e salas de aula e transferidos para o Salão Nobre, onde se encontrava instalado o Museu de História Natural.
1994 – No âmbito da Área-Escola, um grupo de alunos do 10.º C, sob a orientação das professoras Amparo Dias da Silva, Ana Bela Saraiva e Maria Arminda Ferreira, desenvolveu um projeto que visava a revitalização do espaço do Salão Nobre. Procedeu à limpeza, ao restauro e à catalogação do material aí existente, bem como ao restauro do próprio espaço, que se encontrava bastante degradado. Para esta importante tarefa contou com a colaboração da comunidade escolar e de várias instituições do Porto.
1996 – Investigadores espanhóis, italianos e russos estudaram os esturjões existentes no Salão Nobre.
1997 – A 23 de maio, foi concluído o projeto Área-Escola, com a sessão de abertura do Museu da Ciência. O antigo Salão Nobre passou a denominar-se Museu da Ciência, ficando aberto à comunidade escolar e a todos os interessados.
1998 – Sob a orientação da professora Maria Manuela Abrunhosa Leite, deu-se início à criação da base de dados do espólio do Museu da Ciência.
2007 – Inicia-se o Programa de Modernização do Parque Escolar que incluiu o espaço do Museu da Ciência, introduzindo o conceito de “Sala da memória e do conhecimento”. No âmbito do projeto BAME (Bibliotecas, Arquivos e Museus da Educação), são incluídos, na base de dados da Secretaria Geral da Educação, os 10 primeiros objetos do acervo.
Desde 2022 – A professora Ana Bela Saraiva retoma a colaboração com a Secretaria-Geral da Educação, prosseguindo a inventariação e o registo do espólio do Museu da Ciência, aumentando o número de registos incorporados na base de dados para cerca de 400.
São desenvolvidas diversas atividades dirigidas à comunidade escolar e ao público em geral, com o objetivo de divulgar o acervo e promover a utilização do Museu como espaço de aprendizagem e extensão da sala de aula.